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optimalleaforder

最佳叶片排序为层次聚类

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语法

leafOrder = optimalleaforder(树,D)
leafOrder = optimalleaforder(树,D,名称,值)

描述

例子

leafOrder= optimalleaforder (树,D)返回一个最佳叶为集群层次二叉树排序,树,使用的距离,D。最佳叶片排序二叉树的相似性之和最大化相邻叶片的翻转树枝没有把集群。

leafOrder= optimalleaforder (树,D,名称,值)返回最优叶命令使用一个或多个参数名称-值对。

例子

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创建一个使用分层集群二进制树链接。然后,比较系统树图绘制与默认排序系统树图的最佳叶片排序。

生成样本数据。

rng (“默认”)%的再现性X =兰德(10,2);

创建一个距离向量和一个层次二叉聚类树。使用距离和聚类树来确定一个最优的叶子。

D = pdist (X);树=连杆(D,“平均”);leafOrder = optimalleaforder(树,D);

画出系统树图使用默认排序和最优的系统树图叶排序。

图()次要情节(2,1,1)系统树图(树)标题(“默认叶秩序”次要情节(2,1,2)系统树图(树,“重新排序”leafOrder)标题(“最佳叶片秩序”)

图包含2轴对象。坐标轴对象1与标题默认叶订单包含9线类型的对象。坐标轴对象2标题优化叶的订单包含9线类型的对象。

树叶在底部的顺序图对应的元素leafOrder。

leafOrder
leafOrder =1×101 4 9 10 2 5 8 3 7 6
打开生活的脚本

生成样本数据。

rng (“默认”)%的再现性X =兰德(10,2);

创建一个距离向量和一个层次二叉聚类树。

D = pdist (X);树=连杆(D,“平均”);

利用相似变换的逆距离来确定一个最优的叶子。

leafOrder = optimalleaforder(树,D,“转换”,“逆”)
leafOrder =1×101 4 9 10 2 5 8 3 7 6

输入参数

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集群层次二叉树,指定为一个(米- 1)* 3矩阵生成使用链接,在那里米是叶子的数量。

距离确定相似性叶子,指定为一个矩阵或向量的距离。例如,您可以使用产生距离pdist。

名称-值参数

指定可选的双参数作为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和吗价值相应的价值。名称-值参数必须出现在其他参数,但对的顺序无关紧要。

R2021a之前,用逗号来分隔每一个名称和值,并附上的名字在报价。

例子:“标准”、“组织”、“转换”,“逆”指定的总和之间的相似之处是最大化每一片叶子和其他所有叶子在相邻的簇,使用一个逆相似变换。

优化准则来确定一个最优的叶排序,指定为逗号分隔组成的“标准”这些值之一:

“附近” 最大化和相邻叶片之间的相似之处。
“集团” 最大化和每一片叶子之间的相似之处和所有其他叶子在相邻簇相同级别的系统树图。

例子:“标准”、“组织”

方法改变距离的相似性,指定为逗号分隔组成的“转换”其中一个“线性”,“逆”,或一个函数处理。

让d我,我和Sim卡我,我表示距离和相似性的叶子我和j,分别。包括相似的转换:

“线性” Sim卡我,我=最大我,我(d我,我)- - -d我,我
“逆” Sim卡我,我= 1 /d我,我

使用一个自定义的转换函数,指定一个处理一个函数,它接受一个矩阵的距离,D,并返回一个矩阵的相似之处,年代。函数应该是单调递减的距离值。年代必须具有相同的大小D,S (i, j)相似度计算的基础上D (i, j)。

例子:“转换”,@myTransform

输出参数

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最优叶秩序,作为一个长度——返回米向量,米是叶子的数量。leafOrder是一个向量的排列吗1:M,给一个最优的叶排序根据指定的距离和相似变换。

引用

bar - joseph [1], Z。吉福德,位,和晶澳akkola, T.S. (2001). "Fast optimal leaf ordering for hierarchical clustering."生物信息学17卷,增刊1:S22-9。PMID: 11472989。

版本历史

介绍了R2012b

另请参阅

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