主要内容

genevarfilter

筛选基因资料方差小

语法

面具= genevarfilter (数据)
(面具,FData)= genevarfilter (数据)
(面具,FData,帧)= genevarfilter (数据,的名字)
genevarfilter (…“百分比”,PercentileValue,……)
genevarfilter (…“AbsValue”,AbsValueValue,……)

参数

数据

DataMatrix对象或数字矩阵每一行对应一个基因。如果一个矩阵,第一列是基因的名称,每一列是一个实验的结果。
的名字

单元阵列特征向量或字符串向量的每个元素对应于一个基因的名称为每一行的实验数据。的名字有相同的行数数据每一行包含的名称或ID的基因数据集。
PercentileValue

指定一个百分比低于删除哪些基因表达谱。选择的整数0来One hundred.。默认是10。
AbsValueValue

属性来指定一个绝对值低于删除哪些基因表达谱。

描述

基因分析实验通常包括基因表现出小变化在他们的个人资料,通常是不感兴趣的。这些基因通常从数据中删除。

面具= genevarfilter (数据)计算每个基因表达谱的差异数据并返回面具,识别的基因表达谱方差小于第十百分位。面具为每一行是一个逻辑向量和一个元素数据。的元素面具对应的行与方差大于阈值的值1,那些方差小于阈值0。

(面具,FData)= genevarfilter (数据)计算每个基因表达谱的差异数据并返回FData过滤数据矩阵,low-variation基因表达谱中。您还可以创建FData使用FData=数据(面具:)。

(面具,FData,帧)= genevarfilter (数据,的名字)返回帧、名称过滤数组的名称与low-variation相关基因表达谱中。的名字是一个单元阵列特征向量对应的基因的名称或字符串向量中的每一行吗数据。您还可以创建帧使用帧=名字(面具)。

请注意

如果数据是DataMatrix对象指定行名称,您不需要提供第二个输入吗的名字返回第三输出帧。

genevarfilter (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用genevarfilter与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

genevarfilter (…“百分比”,PercentileValue,……)删除从数据、实验数据、基因表达谱方差小于指定的百分比PercentileValue。选择的整数0来One hundred.。默认是10。

genevarfilter (…“AbsValue”,AbsValueValue,……)删除从数据、实验数据、基因表达谱方差小于AbsValueValue。

例子

  1. 生物信息学工具箱提供的加载MAT-file,™软件,包含酵母数据。这个MAT-file包括三个变量:yeastvalues基因表达数据的一个矩阵,基因单元阵列的基因库®加入数字标签中的行yeastvalues,次标签,一个向量的时间值的列yeastvalues

    负载yeastdata

  2. 筛选基因与一个小方差。

    [fyeastvalues, fgenes] = genevarfilter (yeastvalues,基因);

引用

[1]小羽安全火花型许思义A.T.,,Butte A.J. (2003), Microarrays for an Integrative Genomics, Cambridge, MA:MIT Press.

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

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