pdist
两两之间的距离对观测
描述
例子
计算欧氏距离和距离向量转换为矩阵
计算之间的欧氏距离对观测,使用距离矢量转换为一个矩阵squareform
。
创建一个矩阵和三个观察和两个变量。
rng (“默认”)%的再现性X =兰德(3 2);
计算欧氏距离。
D = pdist (X)
D =1×30.2954 1.0670 0.9448
成对的距离排列的顺序(2,1),(1),(2)。你可以很容易地定位观测之间的距离我
和j
通过使用squareform
。
Z = squareform (D)
Z =3×30 0 0.2954 1.0670 0.2954 0.9448 1.0670 0.9448 0
squareform
返回一个对称矩阵Z (i, j)
对应于两两之间的距离观察我
和j
。例如,您可以找到观察2和3之间的距离。
Z (2、3)
ans = 0.9448
通过Z
到squareform
复制的输出函数pdist
函数。
y = squareform (Z)
y =1×30.2954 1.0670 0.9448
输出y
从squareform
和D
从pdist
都是一样的。
计算闵可夫斯基距离
创建一个矩阵和三个观察和两个变量。
rng (“默认”)%的再现性X =兰德(3 2);
使用默认计算闵可夫斯基距离指数2。
D1 = pdist (X,闵可夫斯基的)
D1 =1×30.2954 1.0670 0.9448
计算闵可夫斯基距离指数为1,等于该街区距离。
D2 = pdist (X,闵可夫斯基的,1)
D2 =1×30.3721 1.5036 1.3136
D3 = pdist (X,“cityblock”)
D3 =1×30.3721 1.5036 1.3136
计算两两距离缺失的元素使用一个自定义距离函数
定义一个自定义距离函数忽略了坐标南
值,计算两两距离通过使用自定义距离函数。
创建一个矩阵和三个观察和两个变量。
rng (“默认”)%的再现性X =兰德(3 2);
假设第一次观察到的第一个元素是失踪。
X(1,1) =南;
计算欧氏距离。
D1 = pdist (X)
D1 =1×3南南0.9448
如果观察我
或j
包含南
值,函数pdist
返回南
两两之间的距离我
和j
。因此,D1(1)和D1(2),两两距离(2,1)和(3,1)南
值。
定义一个自定义距离函数naneucdist
忽略了坐标,南
值并返回欧几里得距离。
函数D2 = naneucdist (XI, XJ)% NANEUCDIST欧几里得距离忽略坐标nann =大小(XI, 2);sqdx = (xi xj) ^ 2;nstar =总和(~ isnan (sqdx), 2);%的配对数量不包含nannstar (nstar = = 0) =南;%返回NaN如果所有对包括NaND2squared =总和(sqdx 2“omitnan”)。* n / nstar;%失踪坐标校正D2 =√D2squared);
计算距离naneucdist
通过传递函数的句柄作为输入参数pdist
。
D2 = pdist (X, @naneucdist)
D2 =1×30.3974 1.1538 0.9448
输入参数
X
- - - - - -输入数据
数字矩阵
输入数据,指定为一个数字矩阵的大小米——- - - - - -n。行对应于个人观察,列对应单个变量。
数据类型:单
|双
距离
- - - - - -距离度量
特征向量|字符串标量|函数处理
距离度量,指定为一个特征向量,字符串标量,或函数处理,如下表所述。
价值 | 描述 |
---|---|
“欧几里得” |
欧氏距离(默认)。 |
“squaredeuclidean” |
平方欧氏距离。(此选项仅供效率。它不满足三角不等式)。 |
“seuclidean” |
标准化的欧氏距离。每个坐标差异观察是通过除以相应的扩展元素的标准差, |
“mahalanobis” |
而使用的样本协方差距离 |
“cityblock” |
城市街区的距离。 |
闵可夫斯基的 |
闵可夫斯基距离。默认的指数是2。使用 |
“chebychev” |
Chebychev距离(最大坐标差异)。 |
的余弦 |
1 -之间的夹角的余弦值点(视为向量)。 |
“相关” |
1 -样本点之间的相关性(作为序列的值)。 |
“汉明” |
汉明距离,协调不同的百分比。 |
“jaccard” |
1 - Jaccard系数,非零坐标不同的百分比。 |
“枪兵” |
1 -样本之间的斯皮尔曼等级相关的观察(作为序列的值)。 |
@ |
自定义距离函数处理。距离函数的形式 函数ZJ D2 = distfun(子)%计算距离…
如果你的数据不是稀疏的,你可以通过使用一个内置的通常更快的计算距离的距离而不是一个函数处理。 |
定义,请参阅距离度量。
当你使用“seuclidean”
,闵可夫斯基的
,或“mahalanobis”
,您可以指定一个额外的输入参数DistParameter
控制这些指标。你也可以以同样的方式使用这些指标作为默认值的其他指标DistParameter
。
例子:闵可夫斯基的
DistParameter
- - - - - -距离度量参数值
积极的标量|数值向量|数字矩阵
距离度量参数值,指定为一个积极的标量,数值向量,或数字矩阵。这个论证是有效的只有当你指定距离
作为“seuclidean”
,闵可夫斯基的
,或“mahalanobis”
。
如果
距离
是“seuclidean”
,DistParameter
为每个维度是一个向量扩展因素,指定为一个积极的向量。默认值是性病(X, omitnan)
。如果
距离
是闵可夫斯基的
,DistParameter
的指数是闵可夫斯基距离,指定为一个积极的标量。默认值是2。如果
距离
是“mahalanobis”
,DistParameter
协方差矩阵,指定为一个数字矩阵。默认值是X (X, omitrows)
。DistParameter
必须是对称的,正定。
例子:闵可夫斯基,3
数据类型:单
|双
输出参数
D
——两两距离
数字行向量
两两距离,作为数字返回行向量的长度米(米1)/ 2,相应的对观测,米观察的数量吗X
。
距离的顺序排列(2,1),(3,1),…,(米1),(2),…,(米,2),…,(米,米1),即,the lower-left triangle of the米——- - - - - -米距离矩阵的列顺序。两两之间的距离观察我和j是在D((张)* (m i / 2) + j-i)为我≤j。
您可以转换D
对称矩阵的使用squareform
函数。Z = squareform (D)
返回一个米——- - - - - -米矩阵Z (i, j)
对应于两两之间的距离观察我和j。
如果观察我或j包含南
年代,那么相应的价值D
是南
内置的距离函数。
D
通常被用作不同矩阵在集群或多维标度。有关详细信息,请参见分层聚类和函数参考页cmdscale
,cophenet
,链接
,mdscale
,optimalleaforder
。这些功能需要D
作为输入参数。
更多关于
距离度量
距离度量是一个函数,定义了两个观测之间的距离。pdist
金宝app支持各种距离度量:欧氏距离、标准化的欧氏距离,Mahalanobis距离,街区距离,闵可夫斯基距离,Chebychev距离,余弦距离、相关距离,汉明距离、Jaccard距离,和枪兵的距离。
给定一个米——- - - - - -n数据矩阵X
,这被视为米(1 -n)行向量x1,x2、……x米,各种向量之间的距离x年代和xt定义如下:
欧氏距离
的欧几里得距离是一个特例闵可夫斯基距离,p= 2。
标准化的欧几里得距离
在哪里V是n——- - - - - -n对角矩阵的jth对角元素是(年代(j))2,在那里年代是一个向量的每个维度的比例因素。
Mahalanobis距离
在哪里C协方差矩阵。
城市街区的距离
城市街区的距离是一个特例的闵可夫斯基距离,p= 1。
闵可夫斯基距离
的特殊情况p= 1闵可夫斯基距离给出了城市街区距离。的特殊情况p= 2闵可夫斯基距离给出了欧氏距离。的特殊情况p=∞闵可夫斯基距离给Chebychev距离。
Chebychev距离
距离Chebychev闵可夫斯基距离是一个特例,在哪里p=∞。
余弦距离
相关距离
在哪里
和 。
汉明距离
Jaccard距离
斯皮尔曼的距离
在哪里
rsj的排名是xsj接管x1j,x2j,……x乔丹所计算的
tiedrank
。r年代和rt的坐标态等级向量x年代和xt,也就是说,r年代= (r年代1,r年代2,……rsn)。
。
。
扩展功能
C / c++代码生成
生成C和c++代码使用MATLAB®编码器™。
使用笔记和限制:
输入参数的距离值(
距离
)必须是一个编译时常量。例如,使用闵可夫斯基距离,包括coder.Constant(闵可夫斯基)
在arg游戏
的价值codegen
。输入参数的距离值(
距离
不能自定义距离函数)。生成的代码的
pdist
使用parfor
(MATLAB编码器)创建循环,支持共享内存多核平台上并行运行生成的代码。金宝app如果你的编译器不支持开放的多处理(OpenMP)应用金宝app程序接口或禁用OpenMP库,MATLAB®编码器™将parfor
循环,为
循环。找到支持的编译器金宝app,看看金宝app支持编译器。禁用OpenMP图书馆,设置EnableOpenMP
配置对象的属性假
。有关详细信息,请参见coder.CodeConfig
(MATLAB编码器)。
GPU的代码生成
生成NVIDIA的CUDA®代码®GPU使用GPU编码器™。
使用笔记和限制:
距离支持金宝app输入参数值(
距离
)优化的CUDA代码“欧几里得”
,“squaredeuclidean”
,“seuclidean”
,“cityblock”
,闵可夫斯基的
,“chebychev”
,的余弦
,“相关”
,“汉明”
,“jaccard”
。距离
不能自定义距离函数。距离
必须是一个编译时常量。
GPU数组
加速代码运行在一个图形处理单元(GPU)使用并行计算工具箱™。
MATLAB命令
你点击一个链接对应MATLAB命令:
运行该命令通过输入MATLAB命令窗口。Web浏览器不支持MATLAB命令。金宝app
你也可以从下面的列表中选择一个网站:
表现最好的网站怎么走吗
选择中国网站(中文或英文)最佳站点的性能。其他MathWorks国家网站不优化的访问你的位置。