创建受体配体动力学模型
此示例显示了如何使用该动力学创建和模拟的简单模型Simbiology应用程序和Simbiology模型分析仪应用程序。
使用Simbiology应用程序创建一个模型,其中配体L和受体R物种通过可逆的结合反应形成受体配体复合物。这些反应是使用质量动作动力学定义的
, 在哪里k上和k离开是向前和反向速率常数。l
,,,,r
, 和C
分别是配体,受体和受体配体复合物的浓度。
通过键入打开应用程序Simbiology
在命令行或单击该应用程序图标应用标签。然后在家应用程序的选项卡,选择添加模型>创建新的空白模型。输入模型的名称,例如M1
。通过选择打开图表视图打开>图表。
拖放三个物种块和一个反应块
进入车厢。通过双击默认文本来重命名该物种和隔间。例如,更改
未命名
至细胞
。
要将物种连接到反应,请按住Ctrl键(OnWindows®和Linux®系统)或选项键(在Macintosh®系统上),单击物种块,然后拖动线路。
定义反应特性:
双击反应块以打开块属性编辑器。
在里面设置选项卡,选择可逆。
放Kineticlaw至压实性。
为了远期速率参数,将名称设置为
Kon
以及对0.05
。将单元设置为升/纳米尔/小时
。为了反速率参数,将名称设置为科夫
以及对0.1
与单位1小时
。更新初始金额
l
至5
和r
至10
与单位纳米尔/升
。
打开Simbiology模型分析仪通过键入应用Simbiology -Modelanalyzer
在命令行或单击从家标签。
要模拟这一反应,请选择程序>模拟模型在里面项目从家标签。将停止时间设置为20秒模拟步骤由于模型在此之后达到饱和状态。点击跑来自家标签。
运行程序将结果绘制在plot1标签。该图显示了不同颜色的模拟响应。该程序存储模拟结果在里面Lastrun程序的文件夹。