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创建受体配体动力学模型

此示例显示了如何使用该动力学创建和模拟的简单模型Simbiology应用程序和Simbiology模型分析仪应用程序。

使用Simbiology应用程序创建一个模型,其中配体L和受体R物种通过可逆的结合反应形成受体配体复合物。这些反应是使用质量动作动力学定义的 d C d t = k o n Å l Å r - k o F F Å C , 在哪里kk离开是向前和反向速率常数。l,,,,r, 和C分别是配体,受体和受体配体复合物的浓度。

通过键入打开应用程序Simbiology在命令行或单击该应用程序图标应用标签。然后在应用程序的选项卡,选择添加模型>创建新的空白模型。输入模型的名称,例如M1。通过选择打开图表视图打开>图表

拖放三个物种块和一个反应块进入车厢。通过双击默认文本来重命名该物种和隔间。例如,更改未命名细胞

要将物种连接到反应,请按住Ctrl键(OnWindows®和Linux®系统)或选项键(在Macintosh®系统上),单击物种块,然后拖动线路。

定义反应特性:

  • 双击反应块以打开块属性编辑器。

  • 在里面设置选项卡,选择可逆

  • Kineticlaw压实性

  • 为了远期速率参数,将名称设置为Kon以及对0.05。将单元设置为升/纳米尔/小时。为了反速率参数,将名称设置为科夫以及对0.1与单位1小时

  • 更新初始金额l5r10与单位纳米尔/升

打开Simbiology模型分析仪通过键入应用Simbiology -Modelanalyzer在命令行或单击从标签。

要模拟这一反应,请选择程序>模拟模型在里面项目标签。将停止时间设置为20秒模拟步骤由于模型在此之后达到饱和状态。点击来自标签。

运行程序将结果绘制在plot1标签。该图显示了不同颜色的模拟响应。该程序存储模拟结果在里面Lastrun程序的文件夹。

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